Le volet recherche de la chaire UNESCO est spécifiquement orienté vers l’étude intégrée des écosystèmes marins, avec analyses comparatives; il vise le renforcement des capacités des pays partenaires en matière de recherche sur les écosystèmes avec une orientation appliquée vers la protection de ces écosystèmes.

Une étude intégrée des systèmes marins ne peut se concevoir sans la compréhension des activités humaines qui y sont liées et de leur dynamique. De ce fait, le volet recherche vise aussi l’inclusion des sciences humaines aux différentes étapes des processus de recherche proposés.

Les différents projets de recherche coordonnés par la chaire constituent un réseau de collaborations internationales, permettant la création de groupes de travail et d’ateliers, les échanges de chercheurs, la co-supervision d’étudiants et de post-doctorants.

La chaire UNESCO en analyse intégrée des systèmes marins permet d’appuyer la création d’une base de chercheurs, au Québec et dans les pays du Sud capables d’analyser le fonctionnement des écosystèmes marins exploités, en complétant l’approche halieutique classique, toujours indispensable à ces nouvelles techniques. Elle met à profit l’expertise québécoise et canadienne. L’ISMER et, plus généralement, l’UQAR, bénéficient d’un vaste réseau de collaborations scientifiques et techniques, au Canada et à l’étranger. Ce réseau d’expertise permet de renforcer les capacités nationales des institutions partenaires du sud, Mauritanie et Cap-Vert, de collecter et analyser les données environnementales, et d'intégrer les aspects écosystémiques à la fois dans les programmes scientifiques et dans les recommandations de gestion. De plus, une telle approche à grande échelle, regroupant les écosystèmes de plusieurs pays, couvrant une variété de climats et de niveaux d’exploitation, permet d’examiner des concepts théoriques de base en écologie marine et faire avancer les connaissances scientifiques au niveau du fonctionnement des écosystèmes marins, et d’adapter les modes de gestion aux conditions environnementales locales.